La préparation du doctorat s'effectue en trois ans. Le FLE ne possèdant toujours pas de section universitaire propre, il fallait jusqu'ici se présenter en Sciences de l’Education ou en Sciences du Langage. En mai 2007, la section - "Sciences du Langage : linguistique et phonétique générale" a été enfin renommée "Sciences du langage, traitement automatique et didactique des langues". Cependant un grand nombre d’ATER se retrouvent sans poste d’enseignant-chercheur au terme de leur thèse, faute de postes créés en Didactique des langues et en particulier en FLES.

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